Ngay trong bài giảng đầu tiên về phương pháp làm nghề y (Y nghiệp thần chương), Lê Hữu Trác đã viết: "Nghề làm thuốc tức là một nghề cầm cái sinh mệnh của con người ở trong tay mình. Nhưng đối với các y giả ở đời, phần nhiều coi là một nghề rất dễ, riêng ta đây thời lại coi là một nghề rất khó… Vả chăng, ta tuy chuyên theo về nghề làm thuốc nhưng thực ra thời cũng không ham đi chữa bệnh. Vì chỉ e rằng đi chữa cho nhiều người, thời sẽ bị nhầm nhiều, bị nhầm nhiều thời sẽ bị âm báo nhiều. Như thế thời chẳng có khác gì cầu lấy phúc mà lại rước lấy tội. Bởi thế nên không bày tủ thuốc, không sắm dao cầu, không mong ai mời, chẳng cầu ai tạ".
Ông cho rằng người thầy thuốc là người bảo vệ chăm sóc sức khỏe cho người dân do vậy cần phải siêng năng, chịu khó học tập, bồi đắp kiến thức thường xuyên liên tục mới có thể hành nghề mà không dẫn đến sai sót trong chuyên môn. Trong Y huấn cách ngôn, Hải Thượng Lãn Ông bày tỏ: “Khi học nghề y, phải nên thấu suốt cả nho lý. Một khi đã thông lý đạo nho rồi, thì học y sẽ được dễ dàng hơn. Khi nhàn rỗi, đem các sách của các bậc minh y cổ kim ra đọc luôn không rời tay, tìm hiểu cặn kẽ từng nét cho sáng tỏ rõ ràng, cho nhuần nhuyễn nhậy bén. Lượm được vào lòng, sáng hiểu ở mặt nhận xét, tự nhiên [Khi làm sẽ] cảm ứng ra tay, mà không có sự sai lệch”. Khẳng định vai trò của người thầy thuốc trước người bệnh rất quan trọng, đặc biệt trong những tình huống nguy cấp, người bệnh cần sự giúp đỡ của người thầy thuốc thì phải luôn sẵn sàng có mặt; không nên chỉ vì những thú vui tầm thường của người thầy thuốc mà gây ảnh hưởng đến tính mạng người bệnh. Ông cho rằng: “Đạo y là một nhân thuật, chuyên lo cho tính mệnh con người, phải biết lo lắng cái lo của người, cùng vui với cái vui của người, chỉ lấy việc làm sống người làm phận sự của mình, không được mưu lợi, kể công".
Hải Thượng Lãn Ông nêu rõ và yêu cầu những phẩm chất cần có của người thầy thuốc “Nhân là một đức tính cơ bản của người làm nghề y. Đức tính cơ bản ấy là điều kiện tiên quyết để vào nghề y; nếu không có lòng nhân, không biết quan tâm đến người khác thì nên đi kiếm sống bằng nghề khác”. Theo Ông: “Đạo làm thuốc là một học thuật cao quý để giữ gìn mạng sống, cũng là đầu mối lớn lao về đạo đức chân chính”; “không có nghề nào nhân đạo bằng nghề y cứu sống người”; “không có nghề nào vô nhân đạo bằng nghề y thiếu đạo đức”. Ông quyết liệt phê phán việc “đem nhân thuật làm chước dối lừa, đem lòng nhân đổi ra lòng buôn bán”; vì vậy, “người thầy thuốc luôn phải trau dồi y đức” và yêu cầu người thầy thuốc cần có 8 đức tính, được gói gọn trong 8 chữ: “Nhân” (nhân từ), Minh (sáng suốt), Đức (đức độ), Trí (trí tuệ), Lượng (sự bao dung), Thành (thành thật), Khiêm (khiêm tốn), Cần (siêng năng); 8 tội cần phải tránh: Lười biếng, Keo kiệt, Tham lam, Dối trá, Bất nhân, Hẹp hòi, Thất đức, Dốt nát.
Với Lê Hữu Trác, nói đi đôi với làm. Đối với bệnh nhân, Ông không nề hà khó nhọc, vất vả đến thăm khám trực tiếp, chu đáo rồi mới kê đơn. Ông xem "cái bệnh" là đối tượng số một, bệnh nguy cấp cần chữa trước, tùy trường hợp mà giải quyết kịp thời và chu đáo, bệnh cần dùng thuốc gì dùng thuốc đó dù là thứ đắt tiền. Có trường hợp bệnh nhân khỏe rồi, nhưng nghèo khổ, Lê Hữu Trác còn chu cấp thêm cho tiền gạo. Ông nói: “Phần mình phải hết sức suy nghĩ, đem hết khả năng để làm kế tìm cái sống trong cái chết cho người ta” (Âm án). Theo Lê Hữu Trác “Nếu cùng một lúc có nhiều người nhà của bệnh nhân mời đi thăm bệnh, nên tùy mức bệnh nào gấp thì tới trước bệnh nào hoãn thì tới sau, không nên coi trọng kẻ giàu sang mà tới trước, xem nhẹ kẻ nghèo hèn lại đến sau; hoặc trong việc dùng thuốc lại còn phân biệt kẻ hơn người kém. Nếu lòng không thành thực, thì khó công hiệu của sự cảm ứng".
Quan điểm y đức của Lê Hữu Trác không chỉ được thể hiện rõ trong Y huấn cách ngôn mà còn được thể hiện qua những hoạt động, ứng xử trong thực tiễn hành nghề của Ông. Trong chuyên luận “Những lời dạy của các tôn y Việt Nam về Y đức” của Giáo sư Ngô Gia Hy đã thống kê được 94 điều, trong đó có 72 điều rút ra từ tác phẩm của Hải Thượng Lãn Ông (38 điều từ Y huấn cách ngôn, 24 điều từ Dương án, Âm án, 10 điều từ tập thơ Y lý thâu nhàn và tập Thượng Kinh ký sự). Những quan điểm y đức của Lê Hữu Trác có sự tương đồng lớn với Lời thề Hippocrate (460 - 377 trước CN) - người được coi là cha đẻ của y học phương Tây.
Xây dựng lý luận, phương pháp chữa bệnh của nền y học cổ truyền Việt Nam
Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác đã nghiên cứu, chọn lọc và tiếp thu những tinh hoa của y học cổ truyền Trung Hoa, sáng tạo ra các phương pháp mới, phù hợp với thể trạng và điều kiện sống của người Việt Nam. Nhờ đó xây dựng nên một hệ thống lý luận và phương pháp chữa bệnh mang tính thực tiễn cao và khả năng ứng dụng rộng rãi trong cuộc sống. Ông chỉ rõ những điểm khác biệt giữa khí hậu phương Bắc (Trung Hoa) và khí hậu phương Nam (Việt Nam), vạch ra phương pháp chữa bệnh ngoại cảm (cảm ngoại) ở Việt Nam, sử dụng thuốc Nam và đưa ra các bài thuốc, các phương pháp chữa bệnh cụ thể.
Tư tưởng của Lê Hữu Trác về sự cân bằng trong cơ thể là một triết lý y học quan trọng mà Ông nhấn mạnh trong các tác phẩm của mình, gốc rễ của y học cổ truyền đó là sự cân bằng âm dương. Ông tin rằng sự mất cân bằng giữa các yếu tố âm dương, hàn nhiệt là nguyên nhân chính dẫn đến bệnh tật. Vì vậy, để điều trị bệnh một cách triệt để, không chỉ cần tập trung vào việc chữa triệu chứng mà còn phải khôi phục lại sự cân bằng tự nhiên của cơ thể. Phương pháp điều trị của Lê Hữu Trác không chỉ dừng lại ở việc chữa triệu chứng mà còn bao gồm việc chăm sóc toàn diện cho bệnh nhân. Ông nhấn mạnh, sức khỏe không chỉ phụ thuộc vào việc dùng thuốc mà còn ở việc duy trì lối sống lành mạnh và điều hòa cảm xúc. Quan điểm này rất gần với khái niệm y học toàn diện ngày nay, trong đó việc chăm sóc sức khỏe không chỉ dừng lại ở việc điều trị bệnh tật mà còn tập trung vào việc cải thiện trạng thái tinh thần và nâng cao thể lực toàn diện của bệnh nhân.
Trên cơ sở quan niệm dân gian “Trời đất sinh ra giống người ở xứ nào thì phải sinh ra các vị thuốc ở xứ ấy để cứu cho người ta khi có bệnh tật” (quan niệm phổ biến trong Nam thiên y lý dân gian Việt Nam) và kế thừa tư tưởng “Nam dược trị Nam nhân” của Đại danh y Tuệ Tĩnh, Lê Hữu Trác đã dày công đúc kết, sáng tạo cả về mặt lý luận và thực tiễn xây dựng một nền y học độc lập, tự chủ, phù hợp với phong thổ Việt Nam, dược liệu Việt Nam. Ông đã tập hợp và sưu tập các bài thuốc, vị thuốc với số lượng lớn bài thuốc hiệu quả, từ các sách, bài thuốc trong dân gian, bài thuốc gia truyền và các nhà truyền đạo nước ngoài. Nhiều bài đã được chính Lê Hữu Trác sáng chế, sử dụng, kiểm nghiệm.
Bộ sách nổi tiếng Hải Thượng Y tông tâm lĩnh gồm 28 tập, 66 quyển là công trình tâm huyết cả đời thầy thuốc của ông và được Nhân dân gìn giữ, sưu tập với các tên gọi: Lãn Ông tâm lĩnh (do chính Lê Hữu Trác đặt tên), Hải Thượng tâm lĩnh di thư (Vũ Xuân Hiên gọi); Hải Thượng Y tông tâm lĩnh (tên gọi phổ biến); Tân thuyên Hải Thượng Y tông tâm lĩnh toàn trật (tên theo Thư viện Quốc gia)... Bộ sách được ông hoàn thành về cơ bản (và viết lời tựa) năm 1770; sau đó được ông bổ sung: Y trung quan kiện (1780), Y hải cẩu nguyên (1782), Thượng Kinh ký sự (1783); Vận khí bí điển (1786),... Bộ sách có giá trị lớn về khoa y dược, góp phần khẳng định chân lý riêng của nền y học cổ truyền Việt Nam, gắn liền kinh nghiệm thực tiễn, phù hợp với phong thổ và dược liệu Việt Nam; thể hiện bản chất tốt đẹp của một nền y học thuần Việt, thấm nhuần đạo đức và đầy tính nhân văn, nhân đạo. Đây chính là một bộ tùng thư chuyên về y học của một tác gia Việt Nam. Nội dung sách rất phong phú, bao quát tất cả lý luận kinh điển đông y xưa về các khoa nội, ngoại, phụ nữ, sản, trẻ em, sởi, đậu mùa, phương thuốc, y án, bản thảo, dược vật,... "là một bộ sách mà tác giả đã khổ công nghiên cứu, hết sức thực nghiệm, một công trình lâu ngày dài tháng, ròng rã suốt 30 năm, dầy kinh nghiệm và bắt đầu viết sách trong 10 năm mới làm xong”. Ngoài lĩnh vực y học (Đông y), bộ sách còn có giá trị về nhiều lĩnh vực như: văn học, lịch sử, giáo dục, văn hoá học…
Lê Hữu Trác - Nhà văn hóa có đóng góp quan trọng đối với nền văn học, văn hóa dân tộc
Bên cạnh Y tông tâm lĩnh với các nội dung xuất sắc về y học, Lê Hữu Trác còn thể hiện tài năng văn chương xuất sắc của một nhà văn hóa lớn của dân tộc.
Với tư cách là một tác gia văn học, Lê Hữu Trác vừa là nhà thơ, vừa là nhà văn có phong cách, cá tính tài hoa, độc đáo và có nhiều đóng góp quan trọng cho lịch sử văn học dân tộc. Ông để lại một khối lượng thơ không nhỏ, có thể phân thành hai loại: thơ “diễn ca”, được dùng như một phương tiện, cách thức để chuyển tải nội dung y học, vì vậy Ông chỉ chú trọng vần, nhạc tính, giúp cho người đọc dễ nhớ, từ đó mà vận dụng vào phòng bệnh, chữa bệnh, có thể kể đến tập Vệ sinh yếu quyết biên soạn trong bộ y học toàn thư Hải thượng y tông tâm lĩnh; thơ nghệ thuật, đó là những bài thơ sáng tác trong thời kỳ làm thuốc, loại thơ này đậm tính trữ tình, dạt dào cảm xúc, ngôn ngữ tinh tế, giàu tính tạo hình và biểu cảm, sáng tác theo cảm hứng và quy luật đặc thù của nghệ thuật thi ca rõ nét ở các bài thơ trong Thượng kinh ký sự. Đặc biệt Thượng kinh ký sự (Ký sự lên kinh đô) - phần cuối cùng (quyển 66) của bộ Hải Thượng Y tông tâm lĩnh đã đưa Lê Hữu Trác vào danh sách các tác gia lớn của văn học Việt Nam. Tại đây đã tái hiện một cách chân thực bức tranh hiện thực xã hội phong kiến Việt Nam nửa sau thế kỷ XVIII với nhiều mảng màu sắc nét và một thế giới nhân vật (người thật, việc thật) phong phú, từ bậc vua chúa, quý tộc, đám quan lại đến các hạng người khác trong xã hội, đặc biệt là hình tượng cái tôi và hình tượng tác giả - một cái tôi, một tác giả ưu thời mẫn thế, không màng danh lợi, luôn có cái nhìn sắc sảo, tinh tế, bao quát sát thực thế giới hiện thực và con người; một cái tôi, một hình tượng tác giả vừa trong vai một lương y, vừa trong vai một nghệ sĩ ngôn từ, tất cả vì vận mệnh và số phận con người.
Với tư cách là nhà văn hóa, Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác không chỉ am hiểu mà còn tổng hợp, tinh lọc các giá trị văn hóa bên ngoài (các triết thuyết: Nho, Phật, Lão, Lý dịch, Kinh dịch, Âm dương, Ngũ hành...); giá trị văn hóa truyền thống bản địa, ở cả hai nguồn bác học và dân gian và từ nhiều trước tác của tiền nhân, nhất là trên lĩnh vực y học (Bảo sinh diên thọ toàn yếu, Toàn thư của Cảnh Nhạc, Nam dược thần hiệu của Tuệ Tĩnh ...). Từ đó đúc kết, kế thừa và kiến tạo sản phẩm mới, giá trị mới và đưa vào thực tiễn ứng dụng (chữa bệnh cứu người, làm thuốc, đào tạo học trò, truyền bá y đạo, nhân đạo)... Với vốn văn hóa uyên thâm, vốn sống phong phú, tài năng sáng tạo và tấm lòng nhân ái bao dung, Lê Hữu Trác luôn nói đi đôi với làm, lý thuyết gắn liền với thực tiễn, thực hành... Tất cả lời nói và hoạt động của Ông đều hướng về con người, về Chân - Thiện - Mỹ.
Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác vừa là một mẫu hình lương y tận hiến, một mẫu hình của nhà văn sáng tạo, vừa là một mẫu hình trí thức/ kẻ sĩ biết “xuất”, “xử”/ “hành”, “tàng” tỉnh táo trên cơ sở lấy nghĩa lớn và đức nhân làm trọng. Có thể thấy trong tư cách nào và ở lĩnh vực hoạt động nào, Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác luôn là một Nhân cách - Trí tuệ - Tâm hồn lớn; là tấm gương về lao động, học tập và sáng tạo; sống vì dân, vì con người, vì nghĩa cả.
Lê Hữu Trác thực sự mang tầm vóc quốc tế của một danh nhân văn hóa lớn, phù hợp với lý tưởng, sứ mệnh mà UNESCO cổ vũ và thúc đẩy “theo hướng đoàn kết các dân tộc, lòng khoan dung, lý tưởng hòa bình, đối thoại giữa các nền văn hóa và hiểu biết lẫn nhau giữa các dân tộc”.