Năm 2003, với niềm hân hoan và lòng đầy tự hào, anh đã tình nguyện lên đường nhập ngũ để cống hiến sức trẻ của mình cho sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Được sống trong môi trường quân đội, một lần nữa, ước mơ cháy bỏng của anh là muốn trở thành người cán bộ sĩ quan để suốt đời phục vụ trong quân đội. Anh đã không ngừng phấn đấu, học tập, rèn luyện, được cấp trên tin tưởng giao cho nhiều trọng trách, được đồng chí, đồng đội thương yêu, giúp đỡ, nên mọi khó khăn thử thách đều vượt qua và luôn hoàn thành tốt nhiệm vụ.
Năm 2009, anh được cấp trên cử đi học lớp Cao đẳng Quân sự tại Trường Sĩ quan Lục quân II, tốt nghiệp ra trường được cấp trên điều động về công tác tại Ban CHQS huyện Chợ Gạo, với chức vụ Trợ lý Dân quân tự vệ. Trên cương vị, chức trách được giao, anh luôn nỗ lực phấn đấu cùng với đơn vị hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao.
Trải qua nhiều chức vụ từ Trợ lý Dân quân tự vệ, Trợ lý Trinh sát, Trợ lý Tác huấn, dù ở chức vụ nào anh cũng không ngừng nỗ lực phấn đấu để hoàn thành nhiệm vụ. Tháng 2-2018, anh được cấp trên bổ nhiệm chức vụ Phó Tham mưu trưởng Ban CHQS huyện Chợ Gạo.
Anh tâm sự: “Với cương vị mới này, tôi rất vui mừng là được lãnh đạo, chỉ huy các cấp tin tưởng giao nhiệm vụ cao hơn, nhưng rất lo là làm sao trong công việc phải tốt hơn. Trong suy nghĩ của tôi, làm lính thì dễ, hễ chỉ huy phân công việc nào thì cố gắng hoàn thành là tốt, còn làm chỉ huy thì phải nắm chắc công việc, điều hành cơ quan, phân công nhiệm vụ, kiểm tra, đôn đốc, nhắc nhở cấp dưới, chủ động tham mưu cho cấp trên về các mặt công tác của cơ quan theo chức trách nhiệm vụ. Trong khi đó, công tác quân sự địa phương đòi hỏi người cán bộ chỉ huy phải có kiến thức rộng, am hiểu nhiều lĩnh vực, có trình độ năng lực chỉ huy, tác phong phải linh hoạt, nhạy bén”.
Nhiều đêm suy nghĩ và tự đặt cho mình câu hỏi là: Để hoàn thành tốt chức trách, nhiệm vụ, bản thân phải làm gì và làm như thế nào để xứng đáng với sự tin tưởng của lãnh đạo, chỉ huy và đồng chí, đồng đội trong đơn vị. Chính từ những băn khoăn, lo lắng đó, anh đã tranh thủ thời gian gặp gỡ và học hỏi kinh nghiệm các đồng chí đi trước, tranh thủ sự giúp đỡ của cơ quan cấp trên và dành nhiều thời gian cho việc nghiên cứu. Thấy được điều đó, Đảng ủy - Ban Chỉ huy và anh em đồng chí, đồng đội trong đơn vị đã động viên, giúp đỡ cho anh, điều gì còn gút mắc là các anh trao đổi, chỉ dẫn rất tận tình. Với sự nỗ lực và kiên trì của bản thân, cùng với sự quan tâm của đơn vị, trong thời gian ngắn anh đã thích nghi với công việc mới, lãnh đạo chỉ huy cơ quan Tham mưu hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao. Tham mưu Đảng ủy - Ban CHQS huyện xây dựng đầy đủ hệ thống các kế hoạch sẵn sàng chiến đấu, huấn luyện, diễn tập; giúp đỡ các ban, ngành, đoàn thể huyện hoàn chỉnh kế hoạch B Nhà nước theo qui định; tham mưu cấp ủy, chỉ huy lãnh đạo xây dựng đơn vị từng bước đi vào nền nếp, duy trì nghiêm chế độ trực sẵn sàng chiến đấu, chủ động phối hợp cơ quan chức năng tổ chức thực hiện tốt các hoạt động tuần tra kiểm soát, góp phần giữ vững tình hình an ninh chính trị - trật tự an toàn xã hội ở địa phương; thực hiện tốt công tác tuyển quân, tập trung xây dựng lực lượng dân quân tự vệ, dự bị động viên đảm bảo số lượng, nâng cao chất lượng, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ.
Với vai trò là Phó bí thư chi bộ, anh luôn gương mẫu thực hiện tốt việc học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh gắn với thực hiện Nghị quyết Trung ương 4 (khóa XII) và Cuộc vận động “Phát huy truyền thống, cống hiến tài năng, xứng danh Bộ đội Cụ Hồ”. Trong sinh hoạt thường xuyên tuyên truyền, động viên cán bộ, đảng viên chấp hành nghiêm kỷ luật Đảng, tu dưỡng, rèn luyện phẩm chất đạo đức, lối sống, phát huy tốt tinh thần dân chủ, đề cao tự phê bình và phê bình vì lợi ích của tập thể, từ đó tạo sự đoàn kết thống nhất cao trong chi bộ để hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao.
Thượng tá Lê Minh Quân, Chính trị viên Ban CHQS huyện cho biết: “Đồng chí Huỳnh Văn Châu là một cán bộ gương mẫu, luôn nêu cao tinh thần trách nhiệm, tận tâm với công việc. Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, đồng chí luôn bám sát các chỉ tiêu, nghị quyết, kế hoạch của cấp trên. Đồng thời, xác định đâu là nhiệm vụ trọng tâm để chủ động tham mưu trúng và đúng với tình hình thực tế ở cơ quan, đơn vị và địa phương. Đồng thời phát huy tốt vai trò nêu gương của người cán bộ, nhất là cán bộ lãnh đạo, chỉ huy, không ngại khó, ngại khổ, chủ động nghiên cứu, tìm tòi học hỏi, tích lũy kinh nghiệm để từ đó phát huy những mặt mạnh, khắc phục những mặt hạn chế, giúp cho nghiệp vụ ngày càng hoàn thành tốt hơn”.
Với những cố gắng của bản thân, trong 3 năm (2013, 2014, 2017), anh được Bộ CHQS tỉnh tặng danh hiệu Chiến sĩ thi đua; 2 năm liền (2015 - 2016) được tặng danh hiệu Chiến sĩ tiên tiến; đảng viên hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ nhiều năm liền. Đặc biệt, năm 2013, anh được Bộ Quốc phòng tặng bằng khen vì đã có thành tích xuất sắc trong phong trào thi đua Quyết thắng giai đoạn (2012 - 2013).
“Với những kết quả đạt được, bản thân sẽ tiếp tục phấn đấu, tích cực nghiên cứu, học hỏi những kinh nghiệm của các đồng chí đi trước, của đơn vị bạn để trong thời gian tới thực hiện tốt chức năng tham mưu của mình về đảm bảo công tác quân sự, quốc phòng địa phương của huyện ngày càng đi vào nền nếp, chất lượng và đạt nhiều kết quả tốt hơn, toàn diện hơn” - Đại úy Huỳnh Văn Châu cho biết thêm.