Theo đó, lãnh đạo hai đơn vị đã thống nhất nội dung, biện pháp phối hợp. Trong đó, hai đơn vị thường xuyên trao đổi thông tin, tình hình trên biển kịp thời và chính xác; Phối hợp tổ chức tuần tra, kiểm soát, xử lý vụ việc trên biển, ngăn chặn hành động vi phạm chủ quyền, chống tội phạm, vi phạm pháp luật; Phối hợp đấu tranh, phòng, chống tội phạm, vi phạm pháp luật về ma túy, buôn lậu và các loại tội phạm khác trên biển; Phối hợp xây dựng kế hoạch phòng, chống thiên tai, tìm kiếm, cứu hộ, cứu nạn và ứng phó, khắc phục sự cố môi trường biển; Thường xuyên tập huấn, bồi dưỡng cán bộ, chiến sĩ những kiến thức chuyê môn nghiệp vụ; Tổ chức tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật cho nhân dân vùng ven biển, ngư dân đánh bắt trên biển; Phối hợp tiếp nhận, sử dụng nhân lực, tàu thuyền và phương tiện dân sự được huy động tham gia bảo vệ chủ quyền biển, đảo và phối hợp trong các tình thế cấp thiết, trường hợp khác.
Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và địa bàn hoạt động của từng đơn vị theo quy định, khi có đề nghị được hỗ trợ thì Chỉ huy hai đơn vị phải linh hoạt, kịp thời phối hợp, chủ động xử lý những tình huống xảy ra góp phần giữ vững chủ quyền biển, đảo, an ninh chính trị, trật tự, an toàn trên biển.